TÌM ĐỌC OPEN READING FRAME-ORP-ĐỂ BIẾT CẤU TẠO CỦA GENES

 TÌM ĐỌC OPEN READING FRAME (ORF)

 ĐỂ BIẾT CẤU TẠO CỦA GENE

DNA được cấu tạo bởi nhiều genes.

Muốn tim gene, phải biết đọc Open Reading Frame là bản phô bày nhiều codons hoặc nhiều triplets trong gene.

Mổi codon hay mổi triplet phải gồm có đủ 3 bases lấy từ 4 bases

          A : adenine ; G : Guanidine ; T : Thymine ; C : Cytocine

 Theo QUY LUẬT  Chargaff's rule TẠO OPEN READING FRAME (ORF)

               T chỉ nối với A và C chỉ nối với G mà thôi.

Mối codon phải có đủ 3 bases mới tạo được một amino acid.

Vi có 4 bases nên có tổng còng 64 codons tạo ra tổng cộng 20 amino acids.

 Chúng ta có thể tự do chọn codons và sắp xếp sequence theo ý muốn trong coding strand như dưới đây.

Muốn tạo gene theo ý muốn thì phải có Start codon ATG và Stop codon TAA hoặc TAG,

I-ĐÂY LÀ MỘT GENE ĐƠN GIẢN.

II-THÍ DỤ ĐÂY TÌM RA NHIỀU GENES.

1-Áp dụng quy luật CHARGEFF'S RULE.

2-XỬ DỤNG SOFTWARES FREE ONLINE.

NÊN CHỌN https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

Chúng ta viết ĐNA Sequence tự do theo ý muốn rồi post lên Softwares Free Online

 se tìm ra ORF của genes như bảng nâỳ.

3-QUAN SÁT SÂU HƠN VỀ VỊ TRÍ CỦA GENES TRONG DNA.

III-SỰ ĐỘT BIẾN CỦA GENES

Sự đột biến của virus genes sẽ tạo ra rất nhiều dạng khác nhau như chúng ta đang thấy hiện nay có hai dạng là Covid Variant và Covid Omicron.

 

Theo nghiên cứu cho biết sự đột biến xày ra theo một trong  ba cách là thay thế một  amino acid, thêm vào một amino acid, bỏ đi một amino acid như thí dụ dưới đây. 

CODING STRAND       5’ TCA   GAG   GTG   AAA  TGC   TAT   GGT    3’

Amino acids                    Ser    Glu      Val     Lys    Cys    Tyr      Gly

1-Substitution             5’ TCA   GAG   GTG   ACA   TGC    TAT   GGT  3’

Amino acids                     Ser     Glu    Val     Thre   Cys      Tyr    Gly

2-Insertion                  5’ TCA   GAG  GTG CGC AAA TGC  TAT  GGT  3’

Amino acids                    Ser     Glu    Val   Arg  Lys   Cys  Tyr    Gly

 

3-Deletion                  5’ TCA   GAG   GTG   AAA   TGC    TAT    GGT  3’

Amino acids                   Ser     Glu      Val                Cys    Tyr     Gly

                                                             

Mức độ đột biến trung bình của RNA Virus nhanh hơn DNA-based Virus 

khoảng100 lần nên vaccines và thuốc trị bịnh trở nên không còn hửu hiệu rất mau chóng.

Phòng thí nghiệm

LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY

LOS ALAMOS, N.M., July 2, 2020

---------------------------

Đã nghiên cứu tìm sự đột biến của Covid-Wuhan, và đã phổ biên tài liệu “Tracking SARS-CoV-2 Spike mutations” (Theo doỉ nhứng đột biến của Spikes của SARS-CoV-2 ).

Spike của con Covid Wu Han cấu tạo bởi  1,273 amino-acids.

Amino acid ở vị trí 614 là aspartic D (Aspartic  GAT, GAC ).

Nhưng sau đó D đột biến thành amino acid G (glycine GGT, GGC, GGA, GGG);

     Viết  ký hiệu S D614G để cho biết Spike S đã đột biến tại vị trí 614 từ aspartic D thành glycine G .

Spikes là muỉ nhọn tấn công phổi. Sự đột biến của Spikes làm cho vax hết hiệu quả.

Sự đột biến như chúng ta đã biết là do :

·       Những cắt bỏ amino acids (Deletions)

·       Hoắc do thay thế những amino acids (Substitutions).

Nhưng nếu cắt bỏ nhiều quá thi Covid không còn hoạt động nữa.

Còn thay thế nhiều quá thi chỉ có một số ít amino acids có thể thay thế lẫn nhau nhưng họat động của Covid vẫn như cũ.

Theo nghiên của Dr. Bette Korber, tại  Los Alamos National Laboratory từ 999 bịnh nhân ở UK cho biết :

 Biến thể S D614G lây nhiễm nhiều hơn S D614 nhưng không nguy hiểm hơn.

Biến thể S D614G xuất hiện nhiều nơi bịnh nhân trẻ tuổi (younger age of patients).

Sự đột biến theo phương pháp thay thế (substitution) của Omicron Spike đã được tìm thấy như sau theo tài liệu của WHO ngày Nov, 26, 2021 :

Covid Omicron có thể có nhiều hơn 50 đột biến. Spike của Omicron có 30 đột biến thay thế, 3 đột biến nhỏ huỷ bỏ và 1 đột biến nhỏ ghép thêm vào như dưới đây.

(30 amino acid substitutions, 3 small deletions, 1 small insertion).

 A67V, del69-70, T95I, del142-144, Y145D, del211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F