PHƯƠNG PHÁP TIM OPEN READING FRAME CỦA GENE TRONG DNA.
1-OPEN READING FRAME (ORF) LÀ GÌ ?
Muốn tìm gene trong DNA,chúng ta cần biết trình tự sắp xếp các nucleotides giữa start codon (atg) và stop codons (taa, tag, tga) của gene.
Những nucleotides ở trong khoảng cách giữa hai codons đó được goị là OPEN READING FRAME OF GENE.
Với bất cứ phần nào trên DNA, chúng ta có thế tạo được 3 ORF theo chiều forward và 3 ORF theo chiều ngược lại.
Đọc ORF chúng ta biết tên của những amino acid do gene tạo ra. Thí dụ đây là một DNA.
5' 3'
atgcccaagctgaatagcgtagaggggttttcatcatttgaggacgatgtataa
XEM BẢNG VIẾT TẮT ĐỂ BIẾT TÊN CỦA NHỮNG AMINO ACID
M P K L N S V E G F S S F E D D V
BẢNG VIẾT TẮT AMINO ACID
1-Phenylalanine F TTT, TTC
2-Methionine M
ATG chọn làm Start codon
3-Cysteine
C
TGT, TGC
4-Alanine A GCT,
GCC, GCA, GCG
5-Glycine
G GGT, GGC,
GGA, GGG
6-Isoleucine I ATT,
ATC, ATA
7-Leucine
L CTT, CTC, CTA, CTG, TTA,
TTG
8-Valine
V GTT, GTC, GTA, GTG
9-Proline
P CCT, CCC, CCA, CCG
10-Threonine
T ACT, ACC, ACA,
ACG
11-Serine
S
TCT, TCC, TCA, TCG, AGT, AGC
12-Tyrosine
Y TAT, TAC.
13-Tryptophan
W TGG
14-Glutamine
Q CAA, CAG
15-Asparagine
N AAT, AAC
16-Histidine
H CAT, CAC
17-Glutamic
acid E GAA, GAG
18-Aspartic
acid D GAT, GAC
19-Lysine K
AAA, AAG
20-Arginine
R CGT, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG
Stop codons
Stop TAA, TAG, TGAGhép 3 chữ của 4 chữ A, C, G, T taọ ra được 64 codons chứa 20 amino acids có tên như trên.
2-TIM OPEN READING FRAMES TRONG GENOME CỦA COVID-19
Coronavirus không phải là một tế bào.Nó chỉ là một genome được bọc
trong một lớp vỏ gôm có nhiều proteins.
